Meskipun anime Elfen Lied memberikan penutup yang memuaskan, pembaca manga akan lebih baik membaca cerita aslinya karena anime dan manga tersebut sangat berbeda.
Banyak penggemar manga menganggap anime Elfen Lied memiliki beberapa masalah. Salah satunya adalah anime tersebut tidak mengikuti alur cerita manga. Pada episode ke-12, cerita anime mulai berbeda dari manga. Karenanya, disarankan untuk membaca manga mulai dari Chapter 62, atau bahkan dari awal, mengingat perubahan yang dilakukan anime.
Manga mengeksplorasi karakter dan cerita lebih dalam dengan garis cerita sampingan dan informasi latar belakang yang dihilangkan dari anime. Anime terkesan terburu-buru untuk muat di 13 episode sambil menghilangkan atau mengubah poin cerita penting.
Jadi bagi penggemar yang ingin mengalami Elfen Lied sepenuhnya, merekomendasikan membaca manga. Perbedaan antara keduanya cukup mencolok sehingga memberikan dua versi cerita yang berbeda namun lengkap. Meskipun anime menutup dengan baik, manga menyajikan cerita yang lebih komprehensif dari dongeng menyedihkan namun indah di Elfen Lied.